Phylogenetische Spekulationen und die Kurzsichtigkeit von Spezialisten

Der Fetisch "Stammbaum" fängt dort an, wo seine Schöpfer angefangen haben über ihn nachzudenken.

Mavian et al. warnen vor vorschnellen Schlüssen aus phylogentischen Analysen und referenziert eine Diskussion, dass der Virus von Deutschland nach Italien gebracht worden sei. Ebenso wird die inhomogene Verteilung der veröffentlichten Gensequenzen kritisiert.

Es ist sehr zu bezweifeln, dass aus dieser Diskussion ernsthafte Kritik an einer kurz zurückliegenden Zoonose entsteht. Alle Erfahrungen aus der Virologie sprechen dagegen. Nichts in dieser Diskussion der Bioinformatiker, Virologen und Genetiker sagt irgendetwas über die Pathogenität von Coronaviren aus. Das stört dort aber offenbar niemanden. 

Aber mit den Gensequenzen geht alles. Jetzt mit Fledermaus und chinesischem Schuppentier gemeinsam, durch homologe Rekombination.

“These results  from  our  analysis  suggest  that  SARS-CoV-2  is  a recombinant virus of bat and pangolin CoVs. Moreover, this study also reports mutations in coding  regions  of 125 SARS-CoV-2  genomes signifying  its  aptitude  for  evolution. In  short, our  findings  propose  that  homologous  recombination  has been  occurred  between bat  and pangolin CoVs that triggered cross-species transmission and emergence of SARS-CoV-2, and, during the ongoing outbreak, SARS-CoV-2 is still evolving for its adaptability”

 Homologe Rekombination wird seit Jahren ernsthaft diskutiert.

 “Multiple lines of evidence implicate homologous recombination and host shifting in the phylogenetic history of SARS-CoV. An initial study immediately following the 2003 epidemic used Bayesian, neighbor-joining, and split decomposition analyses to determine that the SARS-CoV genome exhibited signs of a mosaic ancestry, with the 5′ end of the genome (the replicase/transcriptase gene) showing mammalian ancestry and the 3′ end (excluding Spike) showing avian ancestry.”

Umgekehrt sollte man vielleicht fragen, ob HCoV Viren im menschlichen Körper rekombinieren?

 

Und was wäre, wenn die Zeiger der "molekular Clock" einer rekursiven Logik folgen?

Weiter zu der Qualität der Ergebnisse in der Virologie. Die Natur ist erst vor 130 Jahren darauf gekommen, das HCoV-OC43 Virus zu erschaffen. 

  • Vijgen et al., “Complete genomic sequence of human coronavirus OC43: molecular clock analysis suggests a relatively recent zoonotic coronavirus transmission event.”, J Virol. 2005 Feb;79(3):1595-604, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15650185

 “Molecular clock analysis of the spike gene sequences of BCoV and HCoV-OC43 suggests a relatively recent zoonotic transmission event and dates their most recent common ancestor to around 1890.”

 

  • Vijgen  et al., “Evolutionary history of the closely related group 2 coronaviruses: porcine hemagglutinating encephalomyelitis virus, bovine coronavirus, and human coronavirus OC43.”, J Virol. 2006 Jul;80(14):7270-4, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16809333

“The ancestral PHEV strain diverged from the common ancestor of BCoV and HCoV-OC43, and this event could be dated back to around 1878 (95% HPD interval, 1747 to 1954) based on nucleocapsid gene sequence data.”

“Interestingly, the MRCAs of each of the species-specific strains, i.e., of the PHEV strains, the BCoV strains, and the HCoV-OC43 strains individually, were all estimated to have existed in a recent past, i.e., only 50 to 60 years ago.”

Molecular clock analysis bei RNA Viren ist absurd. Die hohe Mutationsrate liefert immer einen sehr kurz zurückliegenden Entstehungszeitpunkt. Aber in der Virologie geht alles.